Pemerintah Desa adalah Perbekel dan Perangkat Desa, sedangkan Pemerintahan Desa adalah Penyelenggaraan urusan Pemerintahan dan kepentingan Masyarakat setempat dalam sistim Pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Dengan terbitnya Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa dimana urusan Pemerintahan Desa diberikan wewenang penuh oleh Pemerintah Pusat. Dengan terbitnya Undang-Undang Desa dimana segala Program Pembangunan maupun Pemberdayaan dimusyawarahkan bersama Aparatur dan Tokoh Masyarakat yang dipimpin oleh Badan Permusyawaratan Desa dimana saat ini Pemerinta Desa  sesuai dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 menjadi obyek Pembangunan bukan menjadi Subyek Pembangunan.

Susunan Organisasi Pemerintah Desa Batuan

Kepala Desa: Ari Anggara

Sekretaris Desa: Ni Nyoman Sulendri

Kepala Seksi Pemerintahan: Ni Made Madrinawathi

Kepala Seksi Kesejahteraan: I Made Sukra

Kepala Seksi Pelayanan: I Ketut Mantra

Kepala Urusan Keuangan: Ida Ayu Nyoman Astiti

Kepala Urusan Perencanaan: I Kadek Windu Sudewa

Kepala Urusan Umum: Desak Putu Nadi

Staf Desa: Ni Putu Eka Budi Suryani

Staf Desa: Ni Putu Dian Manika

Kelihan Dinas Banjar Pekandelan: I Wayan Diana

Kelihan Dinas Banjar Tengah: I Nyoman Sukartha, SS.n.

Kelihan Dinas Banjar Jeleka: I Made Gunarta

Kelihan Dinas Banjar Puaya: I Nyoman Darma Kawit

Kelihan Dinas Banjar Jungut: I Made Lotring

Kelihan Dinas Banjar Peninjoan: I Nyoman Suarsana

Kelihan Dinas Banjar Dentyis: I Wayan Dira

Kelihan Dinas Banjar Bucuan: I Made Sutrisna

Kelihan Dinas Banjar Penataran: I Wayan Balik

Kelihan Dinas Banjar Penida: A.A.Gede Puja

Kelihan Dinas Banjar Lantangidung: I Made Wiradana

Kelihan Dinas Banjar Tegeha: I Ketut Suparta, S.T.

Kelihan Dinas Banjar Dlodtunon: Yande Adi Parwata

Kelihan Dinas Banjar Gerih: Wayan Gede Darmayuda

Kelihan Dinas Banjar Griya: Ida Bagus Nyoman Sartika

Kelihan Dinas Banjar Griya Siwa: Ida Bagus Gede Agung Manuaba

Kelihan Dinas Banjar Gede: Dewa Ketut Mardiana