Pemerintah Desa adalah Perbekel dan Perangkat Desa, sedangkan Pemerintahan Desa adalah Penyelenggaraan urusan Pemerintahan dan kepentingan Masyarakat setempat dalam sistim Pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Dengan terbitnya Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 tentang Desa dimana urusan Pemerintahan Desa diberikan wewenang penuh oleh Pemerintah Pusat. Dengan terbitnya Undang-Undang Desa dimana segala Program Pembangunan maupun Pemberdayaan dimusyawarahkan bersama Aparatur dan Tokoh Masyarakat yang dipimpin oleh Badan Permusyawaratan Desa dimana saat ini Pemerinta Desa sesuai dengan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 2014 menjadi obyek Pembangunan bukan menjadi Subyek Pembangunan.
Susunan Organisasi Pemerintah Desa Batuan
Kepala Desa: Ari Anggara
Sekretaris Desa: Ni Nyoman Sulendri
Kepala Seksi Pemerintahan: Ni Made Madrinawathi
Kepala Seksi Kesejahteraan: I Made Sukra
Kepala Seksi Pelayanan: I Ketut Mantra
Kepala Urusan Keuangan: Ida Ayu Nyoman Astiti
Kepala Urusan Perencanaan: I Kadek Windu Sudewa
Kepala Urusan Umum: Desak Putu Nadi
Staf Desa: Ni Putu Eka Budi Suryani
Staf Desa: Ni Putu Dian Manika
Kelihan Dinas Banjar Pekandelan: I Wayan Diana
Kelihan Dinas Banjar Tengah: I Nyoman Sukartha, SS.n.
Kelihan Dinas Banjar Jeleka: I Made Gunarta
Kelihan Dinas Banjar Puaya: I Nyoman Darma Kawit
Kelihan Dinas Banjar Jungut: I Made Lotring
Kelihan Dinas Banjar Peninjoan: I Nyoman Suarsana
Kelihan Dinas Banjar Dentyis: I Wayan Dira
Kelihan Dinas Banjar Bucuan: I Made Sutrisna
Kelihan Dinas Banjar Penataran: I Wayan Balik
Kelihan Dinas Banjar Penida: A.A.Gede Puja
Kelihan Dinas Banjar Lantangidung: I Made Wiradana
Kelihan Dinas Banjar Tegeha: I Ketut Suparta, S.T.
Kelihan Dinas Banjar Dlodtunon: Yande Adi Parwata
Kelihan Dinas Banjar Gerih: Wayan Gede Darmayuda
Kelihan Dinas Banjar Griya: Ida Bagus Nyoman Sartika
Kelihan Dinas Banjar Griya Siwa: Ida Bagus Gede Agung Manuaba
Kelihan Dinas Banjar Gede: Dewa Ketut Mardiana